Исследователи выяснили, что чагырский неандерталец генетически ближе к европейским популяциям, чем к неандертальцам, жившим ранее в Денисовой пещере, расположенной в 100 км от Чагырской. По-видимому, чагырская популяция пришла на Алтай из европейской части материка около 80 тыс. лет назад.